酸奶含钙量较少，婴儿正在生长发育，需大量钙，且酸奶中由乳酸菌生成抗生素，虽能抑制和消灭很多病原体微生物，但同时也破坏了对人体有益菌的生长条件，同时也影响正常消化功能，尤其对有肠胃炎的婴儿和早产儿更不利。
酸奶虽然味道好、营养价值高，但是并不是所有的人都适宜喝，例如胃肠道手术后的病人、腹泻或其他肠道疾病的患者就不适合喝酸奶。酸奶在制作过程中会添加蔗糖作为发酵促进剂，有时还会有各种糖浆调味，所以糖尿病患者要特别注意，还有对牛奶过敏的人也不能喝酸奶。
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